자동 셋업중에 Windows 3.x로부터의 업데이이트를 하고 싶지 않다면 자동 셋업 파일내에 Win31Upgrade=no를 두어야 한다.
Windows NT 설치시 구 버전의 Windows를 숨겨야 한다. 만약 이것을 숨기지 않는다면 셋업은 다음 이외의 경우에는 Win31Upgrade=no를 무시한다. Windows에대한 공간이 부족한 경우, Windows 95가 설치된 경우(시스템 폴더에서 Shell32.dll, User32.dll, Kernel32.dll와 Gdi32.dll를 찾는다면 W95가 설치된 것으로 가정한다).
셋업이 Windows 폴더에서 Win.com, Win.ini나 System.ini와 루트에서 autoexec.bat를 발견하면 Windows 3.x가 설치된 것으로 생각한다.
셋업은 C:\autoexec.bat에서 정의한 PATH 내의 Windows만 검색하므로 Windows 3.x 설치를 숨기는 가장 좋은 방법은 autoexec.bat를 편집해서 경로로부터 Windows에대한 모든 참조를 제거하는 것이다.