스시템 분할영역의 루트에서 많은 수의 파일(1000+)을 생성 삭제한다면 CHKDSK를 실행한 후 부팅에 실패하는 경우가 있다. 컴퓨터는 POST (Power On and Self Test)후에 즉시 지연된다. Windows NT 부트 디스크로 컴퓨터를 시작하려고 하면 Windows NT는 다음과 같은 메시지를 출력하며 OSLOADER 화면에서 중지될 것이다.

다음 파일이 누락되었거나 손상되었기 때문에 Windows NT를 시작할 수 없습니다.



<winnt root>\system32\ntoskrnl.exe



위의 파일의 사본을 다시 설치해 주기바랍니다.

이 것은 드물게 발생하며, 부트 코드와 NTLDR이 루트 폴더를 해석하는 방법에의해 발생한다. NTFS에서 폴더는 인덱스 속성(파일이나 폴더를 가지고 있는 FRS(File Record Segment)에대한 포인터와 파일과 하위 디렉토리의 목록)을 포함하는 파일이다. 이 목록이 지나치게 크면 내부적으로 루트 폴더의 기본 FRS에 저장된다. 이 목록이 갑자기 아주 크게 한번에 커졌을 지라도 파일 시스템은 추가적인 정보를 저장하기위해 큰 블럭의 연속적인 공간을 할당한다. 그러나 인덱스가 작은 크기로 지속적으로 증가하면 파일 시스템은 한번에 작은 공간만 할당한다. 이로 인해 인덱스가 단편화되며, 여러 클러스터에 저장된다. 또한 이로인해 전체적인 성능은 저하된다. 이 것이 많은 수의 파일을 루트 폴더에서 생성, 삭제할 때 발생하는 일이다.

부트 코드와 NTLDR은 NTFS 파일 시스템 코드의 작은 일부분을 포함하며, 이들은 루트 폴더의 FRS을 읽고 인덱스를 통해 부팅시 읽여질 파일의 위치를 검색한다. 부트 코드는 NTLDR을 찾으며 NTLDR는 Ntoskrnl.exe를 찾을 수 있는 %SYSTEMROOT% 폴더를 찾는다. 이들 두개의 항목이 기본 FRS에 있는한 아무런 문제도 없다. 인덱스가 단편화된 후, NTLDR와 %SYSTEMROOT%에대한 항목은 아직도 기본 FRS내에 존재한다.

CHKDSK때문에 인덱스 단편화는 재정렬되며 이로인해 NTLDR와 %SYSTEMROOT%에대한 항목이 기본 FRS이외의 곳으로 이동되게 된다.

이러한 일이 발생하면 유일한 해결책은 분할 영역을 포맷하고 재설치하는 것이다. 만약 백업해 두었다면 그때 이들을 복구할 수 있다.